O Labex desenvolve suas ações sob a forma de programas. São três programas além da estrutura administrativa. Os programas são identificados com as seguintes denominações: 1. Gestão Territorial; 2. Extensão Tecnológica; 3. Intervivência Universitária. Cada programa tem vários projetos que podem ser criados ou deixarem de existir dependendo da necessidade e da determinação da coordenação e/ou da equipe. Programas e projetos podem ter financiamentos a partir de editais públicos aprovados como aconteceu com o programa Gestão Territorial.
No período 2016 a 2020 o programa Gestão Territorial foi executado em cinco territórios, sendo dois permanentes (Campos e Lagos e Lençóis Maranhenses / Munin) e três pontualmente (Baixo Parnaíba, Médio Mearim e Vale do Itapecuru). Os recursos saíram, principalmente, do programa Territórios Rurais, financiado pelo Ministério de Desenvolvimento Agrário (MDA) através de edital público do CNPq. Esse programa remete a um trabalho de apoio ao desenvolvimento territorial através de ações nesses territórios, sempre em parceria com organizações públicas governamentais e da sociedade civil. Tem como público principal os colegiados de desenvolvimento territorial com as atividades se direcionando para a juventude rural, as mulheres rurais e a educação do campo em 41 municípios.
Já o programa Extensão Tecnológica foi executado de forma pontual tangencialmente aos outros dois programas. Composto por projetos especificamente relacionados às atividades de apoio a produção, esse programa serviu de base aos projetos ligados aos outros programas à exceção do projeto de Turismo de Base Comunitária que foi a referência aos projetos da Rota Guaxenduba em execução no município de Icatu e a Rota das Areias em execução no município Santo Amaro do Maranhão.
O terceiro programa está baseado nas diversas ações que articulam os alunos da UEMA com as diversas comunidades e populações rurais e dessas comunidades e populações com a comunidade acadêmica e as estruturas da nossa universidade. Aqui estão os projetos que envolvem a juventude rural, todos os projetos de capacitação, incluindo o curso de extensão semipresencial em agroecologia, além do estágio vivência.
Nos últimos três anos (2018 a 2020) os projetos em andamento são os seguintes: 1. Curso de Extensão Semipresencial em Agroecologia, voltado para a juventude rural e já desenvolvido em 18 municípios, tendo formado, aproximadamente 270 jovens; 2. Rota das Areias, projeto implantado dentro da lógica do programa Mais Extensão, da UEMA, e cujo objetivo é a implantação de um circuito de turismo de base comunitária no município Santo Amaro do Maranhão; 3. Juventude Quilombola, projeto financiado pela FAPEMA a partir de edital público de apoio às comunidades rurais quilombolas, onde se apoia a implantação de projetos voltados para a criação de trabalho e renda para jovens rurais nos municípios Icatu, Presidente Juscelino e Rosário; 4. Estágio Vivência, que é um projeto de extensão com uma lógica de estágio de curta duração onde alunos de todos os cursos da UEMA permanecem imersos durante quinze dias das suas férias regulares em comunidades rurais e assentamentos de reforma agrária para vivenciar o modo de vida das famílias rurais.